โรงเรียนประสาทวิทยานนทบุรี จัดรูปแบบการศึกษาแบบองค์รวม (Holistic Education) ที่ผู้เรียนจะมีประสบการณ์เรียนรู้และพัฒนา อารมณ์ สังคม จริยธรรม และวิชาการ ที่บูรณาการผ่านกิจกรรมที่สนุกสนาน เหมาะสมกับวัย นอกจากนี้เรายังยึดพื้นฐานการพัฒนาพหุปัญญา (Multiple Intelligences) และการพัฒนาศักยภาพทางสมอง (Brain-Based Learning) ที่ส่งเสริมการเรียนรู้ของผู้เรียนอย่างมีคุณภาพ และยั่งยืน